Do najważniejszych wad europejskiego systemu kolejowego należą: – poważna sytuacja finansowa przewoźników kolejowych, – brak kapitału na inwestycje kolejowe, – niewłaściwa organizacja pracy, – niewystarczające kwalifikacje kadry menadżerskiej, – za wysokie ceny w stosunku do niskiej jakości transportu, – trudności w negocjowaniu cen i rabatów, – długi czas transportu typu dom-dom, – niepunktualność pociągów pasażerskich i towarowych, – niewielka liczba regularnych, wahadłowych pociągów blokowych, – niedostatek nowoczesnych lokomotyw, wagonów oraz pracowników wykwalifikowanych do ich obsługi, – zróżnicowanie systemów sygnalizacji, łączności i zasilania w kolejnych krajach, – przestarzała infrastruktura, co ogranicza prędkości pociągów, – częste strajki pracowników kolei, – brak właściwego podejścia do klientów (brak rozpatrywania reklamacji lub oferowania dodatkowych usług). Wynikiem tych cech transportu kolejowego jest masowość przewozów. Przewoźnicy kolejowi rzadko transportują ładunki drobnicowe, których przewóz jest bardziej opłacalny.
